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真菌是不含叶绿素的单细胞呈丝状的简单植物，它不分化出根、茎和叶，是不能进行光合作用的真核生物。

真菌不含叶绿素，不进行光合作用，大部分菌体都是寄生在动植物的遗骸上，菌丝则以此为营养而生长。菌丝有数μm大小，大都无色，少数呈暗色。在污染了的冷却水中常形成软泥，引起管道堵塞。有些真菌能利用木材的纤维素作为碳源，将其转变为葡萄糖和纤维二糖，从而破坏冷却塔中的木结构。它还可能参与氨化、硝化和反硝化作用，引起电化学和化学腐蚀。真菌的监控指标每毫升不得超过10个。

真菌最宜生长的温度为25~30℃，pH为6左右。然而在冷却塔中发现的许多菌种却能在34℃或甚至更高的温度下良好生长。它们常以生成孢子进行繁殖。

真菌类型：

 丝状霉菌
 酵母菌
 担子菌属

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